Long-read sequencing เป็นเทคโนโลยีในการวิเคราะห์ลำดับสารพันธุกรรมแบบสายยาว สามารถอ่านลำดับได้ตั้งแต่หลักพันเบส จนถึงหลายหมื่นเบสต่อชิ้น ลดข้อจำกัดของการวิเคราะห์ลำดับสารพันธุกรรมแบบสายสั้น (short-read sequencing) ลงได้ อาทิ ลดขั้นตอนการเตรียม library เนื่องจากการอ่านลำดับแบบสายยาวนั้นเป็นการอ่านจากสายพันธุกรรมโมเลกุลเดี่ยว (single molecule sequencing) และปราศจากการเพิ่มปริมาณด้วยปฏิกิริยา PCR ทำให้ไม่มี nucleotide bias เกิดขึ้น นอกจากนั้นยังให้ผลในการจัดลำดับสารพันธุกรรมที่ดีกว่า ในแง่ของการศึกษาลำดับจีโนมทั้งหมด (whole genome sequencing) และยังคงมีการพัฒนาอย่างต่อเนื่องในเรื่องของความแม่นยำในการอ่านลำดับ (Base accuracy)

     ทั้งนี้ ทำให้ขั้นตอนสำคัญขั้นแรกสุด คือการเตรียมสารพันธุกรรมหรือดีเอ็นเอให้ได้คุณสมบัติที่ตรงตามความต้องการสำหรับการวิเคราะห์ลำดับสารพันธุกรรมแบบ Long-read sequencing ได้แก่ ปริมาณ ความบริสุทธิ์ และขนาดของชิ้นดีเอ็นเอที่เหมาะสม โดยมีแนวทางการเตรียมตัวอย่างดังนี้

• เตรียมปริมาณ High molecular weight DNA ที่อย่างน้อย 5 µg
• DNA มีค่า OD 260/280 ratios ควรอยู่ระหว่าง 1.8 ถึง 2.1 (ค่าที่ต่ำกว่า 1.8 ชี้ได้ว่ามีการปนเปื้อนของโปรตีน ฟีนอล หรือไกลโคเจน)
• DNA มีค่า OD 260/230 ratios ควรอยู่ระหว่าง 2 ถึง 2.2 (ค่าที่ต่ำกว่า 2 หรือ มากกว่า 2.2 ชี้ว่ามีการปนเปื้อนของเกลือ RNA หรือ คาร์โบโฮเดรต)
• ขนาดชิ้น DNA (DNA fragment) ควรเฉลี่ยอยู่ระหว่าง 10 kb ถึง 35 kb หรือมากกว่า
• Elute ด้วย 10 mM Tris-Cl pH 8 ถึง 8.5 หรือ QIAGEN EB/FG3 buffer

· ควรเก็บที่อุณหภูมิ -20 °C หรือดีกว่าที่ 4 °C เมื่อนำไปวิเคราะห์ลำดับภายใน 1 สัปดาห์

      ดังนั้นแล้วการเลือกใช้ชุดสกัด High molecular weight DNA ที่ออกแบบมาโดยเฉพาะจึงมีสำคัญเช่นเดียวกัน

FlexiGene DNA Kit เป็นผลิตภัณฑ์จากแบรนด์ QIAGEN ที่สามารถสกัดและทำบริสุทธิ์จีโนมดีเอ็นเอได้สายยาวมากยิ่งขึ้น (ขนาดยาวได้มากถึง 150 กิโลเบส: รูปที่ 1) และเป็นการสกัดโดยใช้เพียงหลอดทดลองเดียว และมีกระบวนการสกัดแบบ precipitation method ที่ไม่ผ่านคอลัมน์ (รูปที่ 2) ทำให้ลดโอกาสที่ดีเอ็นเอจะถูกทำให้เป็นท่อนสั้นจากการ shearing ได้ รวมถึงทำให้เพิ่มปริมาณ (yields) ของดีเอ็นเอมากขึ้นอีกด้วย

รูปที่ 1 High-quality genomic DNA สกัดจากตัวอย่าง whole blood ที่ปริมาตรเริ่มต้น 0.3, 3 และ 10 ml โดย Lane C คือ เลือดที่ treated ด้วย sodium citrate และ Lane E คือ เลือดที่ treated ด้วย EDTA และ Lane M คือ ดีเอ็นเอมาตรฐาน (markers)

รูปที่ 2 ขั้นตอนการสกัดจีโนมดีเอ็นเอด้วยชุด FlexiGene DNA

      ชุดสกัดนี้ รองรับการสกัดจีโนมดีเอ็นเอจากตัวอย่าง Whole blood, buffy coat และ cultured cells โดยสามารถปรับเปลี่ยนปริมาตรตัวอย่างเริ่มต้น (input volume) ได้ตั้งแต่ 100 µl ถึง 20 ml และผลิตภัณฑ์ที่ได้ (Elution volume) อยู่ในช่วงตั้งแต่ 200 µl ถึง 1000 µl สามารถให้ yield ได้สูงถึง 35 µg ต่อ 1 ml ของ whole blood และใช้เวลาในการสกัดเพียง 25 – 45 นาทีต่อครั้ง/ ตัวอย่างเท่านั้น

ผลิตภัณฑ์ดีเอ็นเอที่ได้สามารถนำไปประยุกต์ใช้ได้ในงาน ดังนี้

• PCR/qPCR techniques
• Southern blotting
• Next-generation sequencing
• Long-read DNA sequencing

Ordering Information

Product	Cat No./ID:
FlexiGene DNA Kit	51206

 

สนใจสอบถามรายละเอียดเพิ่มเติมได้ที่

https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/dna-purification/genomic-dna/flexigene-dna-kit หรือติดต่อ Info@biodesign.co.th หรือ Line: @BioDesign หรือ https://www.facebook.com/BioDesignTH