Product Articles

CLC Genomics Workbench 21

CLC Genomics Workbench 21

ปัจจุบันมีการใช้เทคโนโลยี Next Generation Sequencing (NGS) ในงานวิจัย เพื่อให้ได้ข้อมูลเชิงลึกทางชีวภาพที่ซับซ้อนมากขึ้น แต่การนำข้อมูลหลังจากทำ NGS ไปวิเคราะห์ต่อนั้นมีความซับซ้อน และต้องใช้หลายเครื่องมือ จากหลายแหล่งมาวิเคราะห์เพื่อให้ได้ข้อมูลตามที่ต้องการ

รูปที่ 1 ความสามารถของ CLC Genomics Workbench 21 ในการวิเคราะห์ข้อมูลจาก Application ต่างๆ ของ Next Generation Sequencing และงานด้าน Molecular Biology

     CLC Genomic Workbench เป็นโปรแกรมชีวสารสนเทศ (Bioinformatics software) ที่รวมรวมเครื่องมือที่จำเป็นสำหรับวิเคราะห์ข้อมูลที่ได้ Sanger Sequencing, การออกแบบ Cloning Size สำหรับงาน Cloning และวิเคราะห์ได้จาก NGS มาไว้ที่เดียว ทำให้ง่ายต่อการใช้งานสำหรับผู้ใช้งาน โดยโปรแกรมมีเครื่องมือขั้นพื้นฐานที่สำคัญดังตาราง

ตารางที่ 1 เครื่องมือขั้นพื้นฐานของ CLC Genomics Workbench 21

BLAST search in NCBI

Whole genome alignment tools

De novo assembly of NGS reads

Phylogenetic analysis tools

Resequencing analysis and variant calling

Sanger sequencing analysis

Support for reference genomes from any organism

Molecular cloning

Long read analysis (PacBio®, Oxford Nanopore®)

Sanger-based multilocus sequence typing (MLST)

RNA-seq (including miRNA and lncRNA),
ChIP-seq, DNA methylation

Biomedical genomics analyses including WES, WGS, tumor-normal, trio and families of four workflows

RNA structure prediction and editing

Gene expression analysis

Editor for graphically and algorithmically advanced primer design

Import sequences and databases in VectorNTI® and other formats

Integrated 3D protein molecule view

Multiple sequence alignment tools

โปรแกรมรองรับข้อมูลจาก

  • Illumina

  • IonTorrent™

  • Oxford Nanopore

  • BGI

  • PacBio

  • GeneReader

ทั้งนี้โปรแกรมรองรับผู้ใช้ได้อย่างหลากหลาย ทั้งแบบใช้งานบนเครื่องคอมพิวเตอร์แบบเดี่ยว (Desktop), แบบเครือข่าย (Network) และแบบ Server ซึ่งรองรับระบบปฏิบัติการ

  • Windows

  • Mac OS X

  • Linux

นอกจาก CLC Genomic Workbench แล้ว ใน Version 21 นี้ ผู้ใช้งานสามารถทำให้การวิเคราะห์ในแต่ละด้านสมบูรณ์มากขึ้นได้ด้วย Premium Module ที่ประกอบด้วย Plug-In ดังนี้

  • CLC Genome Finishing Module: เหมาะกับการวิเคราะห์ Bioinformatics แบบเชิงลึกของ Whole Genome Sequence โดยการนำข้อมูลทั้งแบบ Short read และ Long read มา Assembly ร่วมกัน เป็น Hybrid Assembly ทำให้ได้ข้อมูลที่แม่นยำมากขึ้น

  • CLC Microbial Genomics Module: เหมาะกับการวิเคราะห์ Bioinformatics แบบเชิงลึกเกี่ยวกับงานด้าน Microbiome ซึ่งจะครอบคลุมกับทำ OUT Analysis, Drug resistant เป็นต้น

  • CLC Single Cell Analysis Module: เหมาะกับการวิเคราะห์ Bioinformatics แบบเชิงลึกเกี่ยวกับการแสดงออกของยีนในเซลล์เดี่ยวนั้นๆ, การทำนายชนิดของเซลล์ รวมทั้งการสร้าง U-map และ t-SNE

  • ดู Plug-In อื่นๆเพิ่มเติมได้ที่ https://digitalinsights.qiagen.com/products-overview/plugins/

Ordering Information

Product

Cat No./ID:

CLC Main WB, Desktop Plus

832040

CLC Main WB, Network Plus

832041

CLC Genomics WB, Desktop Plus

832021

CLC Genomics WB, Network Plus

832022

CLC Genomics Server Plus

832111

CLC Genomics WB Premium Desktop

832023

CLC Genomics WB Premium Network

832024

CLC Genomics Server Premium

832025

CLC Genomics WB Premium Desktop Module

832028

CLC Genomics WB Premium Network Module

832029

CLC Genomics Server Premium Module

832049

สนใจสอบถามข้อมูลได้ที่

https://digitalinsights.qiagen.com/products-overview/discovery-insights-portfolio/analysis-and-visualization/qiagen-clc-genomics-workbench/หรือ ติดต่อแผนก Technical Support E-mail: techsupport@biodesign.co.th หรือ Info@biodesign.co.th หรือ https://www.facebook.com/BioDesignTH

“บทความผลิตภัณฑ์โดย คุณเทวฤทธิ์ สูงรุ่ง”