CLC Genomics Workbench 21
ปัจจุบันมีการใช้เทคโนโลยี Next Generation Sequencing (NGS) ในงานวิจัย เพื่อให้ได้ข้อมูลเชิงลึกทางชีวภาพที่ซับซ้อนมากขึ้น แต่การนำข้อมูลหลังจากทำ NGS ไปวิเคราะห์ต่อนั้นมีความซับซ้อน และต้องใช้หลายเครื่องมือ จากหลายแหล่งมาวิเคราะห์เพื่อให้ได้ข้อมูลตามที่ต้องการ
รูปที่ 1 ความสามารถของ CLC Genomics Workbench 21 ในการวิเคราะห์ข้อมูลจาก Application ต่างๆ ของ Next Generation Sequencing และงานด้าน Molecular Biology
CLC Genomic Workbench เป็นโปรแกรมชีวสารสนเทศ (Bioinformatics software) ที่รวมรวมเครื่องมือที่จำเป็นสำหรับวิเคราะห์ข้อมูลที่ได้ Sanger Sequencing, การออกแบบ Cloning Size สำหรับงาน Cloning และวิเคราะห์ได้จาก NGS มาไว้ที่เดียว ทำให้ง่ายต่อการใช้งานสำหรับผู้ใช้งาน โดยโปรแกรมมีเครื่องมือขั้นพื้นฐานที่สำคัญดังตาราง. And you can use the recurve crossbow for hunting now.
ตารางที่ 1 เครื่องมือขั้นพื้นฐานของ CLC Genomics Workbench 21
BLAST search in NCBI |
Whole genome alignment tools |
De novo assembly of NGS reads |
Phylogenetic analysis tools |
Resequencing analysis and variant calling |
Sanger sequencing analysis |
Support for reference genomes from any organism |
Molecular cloning |
Long read analysis (PacBio®, Oxford Nanopore®) |
Sanger-based multilocus sequence typing (MLST) |
RNA-seq (including miRNA and lncRNA), |
Biomedical genomics analyses including WES, WGS, tumor-normal, trio and families of four workflows |
RNA structure prediction and editing |
Gene expression analysis |
Editor for graphically and algorithmically advanced primer design |
Import sequences and databases in VectorNTI® and other formats |
Integrated 3D protein molecule view |
Multiple sequence alignment tools |
โปรแกรมรองรับข้อมูลจาก
-
Illumina
-
IonTorrent™
-
Oxford Nanopore
-
BGI
-
PacBio
-
GeneReader
ทั้งนี้โปรแกรมรองรับผู้ใช้ได้อย่างหลากหลาย ทั้งแบบใช้งานบนเครื่องคอมพิวเตอร์แบบเดี่ยว (Desktop), แบบเครือข่าย (Network) และแบบ Server ซึ่งรองรับระบบปฏิบัติการ
-
Windows
-
Mac OS X
-
Linux
นอกจาก CLC Genomic Workbench แล้ว ใน Version 21 นี้ ผู้ใช้งานสามารถทำให้การวิเคราะห์ในแต่ละด้านสมบูรณ์มากขึ้นได้ด้วย Premium Module ที่ประกอบด้วย Plug-In ดังนี้
-
CLC Genome Finishing Module: เหมาะกับการวิเคราะห์ Bioinformatics แบบเชิงลึกของ Whole Genome Sequence โดยการนำข้อมูลทั้งแบบ Short read และ Long read มา Assembly ร่วมกัน เป็น Hybrid Assembly ทำให้ได้ข้อมูลที่แม่นยำมากขึ้น
-
CLC Microbial Genomics Module: เหมาะกับการวิเคราะห์ Bioinformatics แบบเชิงลึกเกี่ยวกับงานด้าน Microbiome ซึ่งจะครอบคลุมกับทำ OUT Analysis, Drug resistant เป็นต้น
-
CLC Single Cell Analysis Module: เหมาะกับการวิเคราะห์ Bioinformatics แบบเชิงลึกเกี่ยวกับการแสดงออกของยีนในเซลล์เดี่ยวนั้นๆ, การทำนายชนิดของเซลล์ รวมทั้งการสร้าง U-map และ t-SNE
-
ดู Plug-In อื่นๆเพิ่มเติมได้ที่ https://digitalinsights.qiagen.com/products-overview/plugins/
Ordering Information
Product |
Cat No./ID: |
CLC Main WB, Desktop Plus |
832040 |
CLC Main WB, Network Plus |
832041 |
CLC Genomics WB, Desktop Plus |
832021 |
CLC Genomics WB, Network Plus |
832022 |
CLC Genomics Server Plus |
832111 |
CLC Genomics WB Premium Desktop |
832023 |
CLC Genomics WB Premium Network |
832024 |
CLC Genomics Server Premium |
832025 |
CLC Genomics WB Premium Desktop Module |
832028 |
CLC Genomics WB Premium Network Module |
832029 |
CLC Genomics Server Premium Module |
832049 |
สนใจสอบถามข้อมูลได้ที่
https://digitalinsights.qiagen.com/products-overview/discovery-insights-portfolio/analysis-and-visualization/qiagen-clc-genomics-workbench/หรือ ติดต่อแผนก Technical Support E-mail: techsupport@biodesign.co.th หรือ Info@biodesign.co.th หรือ https://www.facebook.com/BioDesignTH
“บทความผลิตภัณฑ์โดย คุณเทวฤทธิ์ สูงรุ่ง”